בנוגע לעיר הנידחת פוסק הרמב"ם ש"אם עשו תשובה מוטב", ולכאורה קשה, כפי שמקשה הראב"ד, הרי אין תשובה מועלת בנוגע לבית דין של מטה. הרוגוצובי עונה שהכוונה היא שאינם חייבים בדין עיר הנידחת אך חייבים בדין עובדי עבודה זרה. אך גם זה קשה הרי איך ישתנה הדין דבית דין של מטה על ידי תשובה שהיא בלב?

ויש לבאר בהקדים זה שכשרוב העיר עובדים עבודה זרה משתנה דינם מסקילה (שזהן העונש ליחיד העובד עבודה זרה) להרג (שהוא דין עיר הנידחת), אף שבכלל הדין הוא שכשחייב ב' מיתות נידון בחמורה – וסקילה חמורה מהרג. והוא מפני שכשישנו עיר הנידחת אזי כל יחיד מתבטל מגדר היחיד ונעשה חלק מהציבור. וזהו גם הביאור בהא שגם נכסי הצדיקים שבעיר הנידחת אובדים והוא מפני שהם חלק מהציבור (שלכן למדים דין זה מסדום, אף שאין למדים הלכה מלפני מתן תורה, כי מה שלמדים מסדום אינו הלכה אלא המציאות שהצדיקים הם חלק מהציבור). 

וזהו שבעיר הנידחת התשובה מועלת גם לאחר התראה, דהתשובה של אנשי עיר הנידחת אינה מבטלת את העונש אלא מבטלת את מציאות הציבור דעיר הנידחת.

וזה שהתשובה - אף שהיא בלב - מועלת אף ש"אין לדיין אלא מה שעיניו רואות", יובן בהקדים (הביאור בפנימיות הענינים): דהנה, גדר ציבור שייך רק בישראל מפני ששרשם בה' אחד שלכן יכולים להתאחד כמציאות אחת, משא"כ אומות העולם שאין בהם התאחדות אינם יכולים להיעשות גדר ציבור, והם רק צירוף של הרבה יחידים. 

והנה זה שתשובה אינה מועלת בבית דין של מטה, יש לומר שאינו רק מפני שהבית דין אינם יכולים לקבוע בנוגע לדבר המסור ללב, אלא שהתשובה אינה מועלת לתקן את הפגם החיצוני ורק מתקנת את הפגם הפנימי, והעונש דבית דין של מטה הוא לתקן את הפגם החיצוני.

והנה, בנוגע לעיר הנידחת, נתבאר שזה שיכולים להיעשות גדר של ציבור הוא רק מפני הנשמה שקשורה בה' אחד, ואם כן כל ענין עיר הנידחת - גם הפגם החיצוני קשור עם הפנימיות, הנשמה, ואם כן התשובה - התיקון לפגם הפנימי מועלת גם עבור הפגם החיצוני, שלכן "אם עשו תשובה מוטב".